Rola pseudo-proliny dipeptydów

Dipeptydy pseudo-proliny zawierają oksazole utworzone z seryny lub treoniny. Po traktowaniu kwasem trifluorooctowym (TFA) oksazole przekształca się w seryn lub treoninę. Oxazole mają strukturalne podobieństwo do proliny, a zatem nazywane są pseudo-proliną. Podobnie jak prolina, pseudo-prolina tworzy „załamanie” w szkielecie poliamidu peptydu. Ten załamanie zakłóca wiązania wodorowe wymiany odpowiedzialne za agregację. Włączenie pseudo-proliny do sekwencji peptydowej poprawia wydajność sprzężenia, zwiększając w ten sposób czystość i wydajność peptydu. Sprzężenie z pseudo-proliną jest trudne, a wydajność sprzęgania jest zwykle niska. Dlatego pseudo-prolina jest stosowana jako wstępnie uformowany pseudo-prolinowy dipeptyd w syntezie peptydu. 

Pseudoprolina jest stabilna w słabo kwaśnych warunkach. Peptydy zawierające pseudoprolinę można przygotować na żywicy 2-chlorotritylowej lub żywicy Sieber i rozszczepione w obecności pseudoproliny.

W porównaniu z odpowiednimi standardowymi peptydami peptydy zawierające pseudo-prolinę mają lepszą rozpuszczalność. To sprawia, że peptydy zawierające pseudo-prolinę są łatwiejsze do oczyszczania i stosowania w reakcjach kondensacji fragmentu. Ponadto peptydy z pseudo-proliną na C-końcowym można sprzężyć bez racemizacji reszty C-końcowej. 

Knot spowodowany pseudo-proliną w peptydach liniowych pomaga tworzyć cykliczne peptydy. Doniesiono, że dodanie pseudo-proliny może zwiększyć wydajność cyklicznych peptydów i przyspieszyć reakcję cyklizacji. 

Pseudo-prolina zakłóca wiązania wodorowe w szkielecie peptydowym. 

Pseudo-prolina zaburza wiązania wodorowe między łańcuchami peptydowymi. 

Pseudo-prolina blokuje tworzenie produktów ubocznych asparaginy i tych wytwarzanych przez tworzenie asparaginy. Jest stosowany w półsyntezie podjednostki R2 reduktazy rybonukleotydowej Escherichia coli. Metoda ta została również niedawno zastosowana do syntezy domeny glikopeptydowej erytropoetyny. 

Wytyczne dotyczące stosowania dipeptydu pseudoproliny 

Jeśli to możliwe, włóż pseudo-prolinę przed regionem hydrofobowym. 

Powinny znajdować się co najmniej dwa aminokwasy między resztami pseudo-proliny lub między pseudo-proliną a proliną. 

Optymalne odstępy wynoszą od 5 do 6 aminokwasów między pseudo-prolinami lub między pseudo-proliną a proliną.