Rodzaje bibliotek peptydowych

Biblioteka skanowania Alaniny
    Biblioteka peptydów skanujących Ala to metoda identyfikacji wpływu określonych aminokwasów w sekwencji na funkcję peptydu. Kolejno zastępujemy aminokwasy w sekwencji Ala; dzięki bibliotece peptydów skanujących Ala można zidentyfikować wpływ określonych aminokwasów na ogólną strukturę, funkcję i inne aktywności biologiczne białka.

Biblioteka skanowania pozycyjnego (PSL)
    Biblioteka peptydów ze skanowaniem pozycyjnym jest ważnym narzędziem do optymalizacji sekwencji peptydowych. Systematycznie zastępuje inne aminokwasy w wybranych regionach lub miejscach peptydu i określa optymalne aminokwasy w tych miejscach za pomocą testów aktywności peptydu. Ten typ biblioteki peptydów pomaga badaczom zidentyfikować określone regiony, które mają określone skutki lub aktywność w określonych pozycjach.

Nakładająca się biblioteka

Nakładająca się biblioteka peptydów jest powszechną metodą przeszukiwania epitopów liniowych lub ciągłych. Projekt biblioteki peptydów zależy głównie od dwóch parametrów: długości peptydu i liczby przesunięć. Ponieważ białko jest obcięte od N-końca do C-końca, możliwe jest, że na końcu może pozostać peptyd sierocy. Aby zachować stałą długość, zalecamy przesunięcie jednego lub kilku aminokwasów z N-końca.

Biblioteki peptydów skróconych

Biblioteki peptydów skróconych stosuje się do identyfikacji najkrótszych sekwencji aminokwasowych w sekwencji peptydowej. Konstrukcja skróconych bibliotek peptydów zazwyczaj obejmuje systematyczne usuwanie aminokwasów z obu końców oryginalnej sekwencji peptydowej. Jeśli znane są pewne ważne aminokwasy, należy je zachować, a następnie usuwać aminokwasy jeden po drugim z drugiego końca peptydu, aby rozpocząć badanie przesiewowe.

Biblioteka losowych peptydów

Biblioteki losowych peptydów projektuje się metodą shotgun, tak aby obejmowały 20 naturalnych aminokwasów, jednocześnie losowo podstawiając wybrane reszty aminokwasowe.

Zaszyfrowana biblioteka

Projekt bibliotek szyfrowanych opiera się na wewnętrznych rearanżacjach oryginalnej sekwencji aminokwasów peptydu. Jest to biblioteka peptydów o najwyższym stopniu mutacji. Zakłócone peptydy są często stosowane jako kontrole negatywne w celu wykazania, że ​​określone sekwencje są krytyczne dla funkcji lub aktywności białka. Jest to także narzędzie do losowego przesiewu wykorzystywane do identyfikacji nowych celów.