Co to są peptydy przenikające do komórek?

Peptydy przenikające do komórek to małe peptydy, które mogą łatwo przenikać przez błonę komórkową.Ta klasa cząsteczek, zwłaszcza CPP z funkcjami ukierunkowującymi, jest obiecująca w zakresie skutecznego dostarczania leków do komórek docelowych.

Dlatego badania nad nim mają pewne znaczenie biomedyczne.W tym badaniu CPP o różnej aktywności transbłonowej badano na poziomie sekwencji, próbując poznać czynniki wpływające na aktywność transbłonową CPP, różnice w sekwencji między CPP o różnej aktywności a substancjami niebędącymi CPP, a także wprowadzić metodę analizy sekwencji biologicznych.

Sekwencje CPP i NonCPP uzyskano z bazy danych CPPsite i różnych literatur, a peptydy transbłonowe (HCPP, MCPP, LCPP) o wysokiej, średniej i niskiej aktywności transbłonowej ekstrahowano z sekwencji CPP w celu skonstruowania zbiorów danych.Na podstawie tych zbiorów danych przeprowadzono następujące badania:

1. Skład aminokwasów i struktury drugorzędowej różnych aktywnych CPP i NonCPP analizowano za pomocą ANOVA.Stwierdzono, że elektrostatyczne i hydrofobowe oddziaływania aminokwasów odgrywają ważną rolę w aktywności transbłonowej CPP, a struktura helikalna i losowe zwijanie również wpływają na aktywność transbłonową CPP.

2. Na płaszczyźnie dwuwymiarowej przedstawiono właściwości fizyczne i chemiczne oraz długości ŚOR o różnej aktywności.Stwierdzono, że CPP i NonCPP o różnych działaniach można pogrupować w ramach pewnych specjalnych właściwości, a HCPP, MCPP, LCPP i NonCPP podzielono na trzy skupienia, pokazując różnice między nimi;

3. W artykule wprowadzono pojęcie centroidu fizycznego i chemicznego sekwencji biologicznej, reszty tworzące sekwencję traktuje się jako punkty cząsteczkowe, a sekwencję abstrahuje się jako układ cząstek do celów badawczych.Metodę tę zastosowano do analizy CPP poprzez rzutowanie CPP o różnych aktywnościach na płaszczyznę 3D metodą PCA i stwierdzono, że większość CPP skupiała się razem, a niektóre LCPP skupiały się razem z NonCPP.

Badanie to ma wpływ na projektowanie ŚOR i zrozumienie różnic w sekwencjach ŚOR o różnych rodzajach działalności.Ponadto przedstawiona w tej pracy metoda analizy centroidu fizycznego i chemicznego sekwencji biologicznych może być również wykorzystana do analizy innych problemów biologicznych.Jednocześnie można je wykorzystać jako parametry wejściowe dla niektórych problemów klasyfikacji biologicznej i odegrać rolę w rozpoznawaniu wzorców.